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国と自治体の省エネ補助金の併用ガイド【2026年版】

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この記事の結論

結論から言うと、経費項目が重複しなければ併用可能です。国の補助金同士、国と自治体の補助金、さらには税制優遇との組み合わせにより、設備投資の自己負担を大幅に圧縮できます。

省エネ補助金は他の補助金と併用できるのか?

結論から言うと、経費項目が重複しなければ併用可能です。国の補助金同士、国と自治体の補助金、さらには税制優遇との組み合わせにより、設備投資の自己負担を大幅に圧縮できます。

ただし「同一の経費に対する二重補助の禁止」という原則があり、経費区分の分け方や申請順序にルールがあります。本記事では、併用可能なパターンと禁止パターン、具体的な経費の分け方まで詳しく解説します。

補助金併用の基本原則

  • 同一経費への二重補助は禁止: 1つの設備費に対して2つの補助金を適用することはできない
  • 経費区分を分ければ併用OK: 設備Aを補助金X、設備Bを補助金Yで申請するのは可能
  • 国×自治体は比較的併用しやすい: 多くの自治体が国の補助金との併用を認めている

国の補助金同士の併用パターン

国の省エネ関連補助金同士の併用で最も一般的なパターンを紹介します。

パターン1: SII補助金 + 脱炭素化推進補助金

最も多い併用パターンです。省エネ設備の本体をSII補助金で、再エネ設備を脱炭素化推進補助金でそれぞれ申請します。

設備適用する補助金補助率(中小企業)
高効率空調(1,500万円)SII補助金(告示基準型)2/3 → 補助額1,000万円
LED照明(300万円)SII補助金(告示基準型)2/3 → 補助額200万円
太陽光発電(2,000万円)脱炭素化推進補助金1/3 → 補助額667万円
蓄電池(1,000万円)脱炭素化推進補助金1/3 → 補助額333万円

合計投資額4,800万円に対し、補助額合計2,200万円(実質自己負担2,600万円)

パターン2: SII補助金 + ものづくり補助金

製造業で省エネ設備と生産設備を同時に導入する場合に有効です。

設備適用する補助金備考
高効率空調・LED照明SII補助金省エネ設備として申請
新型加工機械ものづくり補助金生産性向上設備として申請

経費の重複に注意

新型加工機械が省エネ性能も有する場合、SII補助金との経費の重複が生じないよう、どちらの補助金で計上するか明確に区分してください。

国 + 自治体補助金の併用パターン

国の補助金に自治体の補助金を上乗せすることで、自己負担をさらに圧縮できます。

パターン3: SII補助金(設備費) + 自治体補助金(工事費)

SII補助金では設備費と工事費が補助対象ですが、自治体補助金で工事費をカバーすれば国の補助金の枠を設備費に集中できます。

経費適用する補助金補助率
高効率空調 設備費(1,200万円)SII補助金2/3 → 800万円
設置工事費(400万円)自治体省エネ補助金1/2 → 200万円

合計1,600万円に対し補助額1,000万円(自己負担600万円)

パターン4: 脱炭素化推進補助金 + 自治体の再エネ補助金

太陽光発電の導入で、国と自治体の両方の補助金を活用するパターンです。

経費適用する補助金補助率
太陽光パネル(1,500万円)脱炭素化推進補助金1/3 → 500万円
蓄電池(800万円)自治体の蓄電池補助金1/3 → 267万円

自治体によっては国の補助金を受けた場合の上乗せ制度があり、実質自己負担30%以下になるケースもあります。

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併用禁止のパターン【NG例】

以下のパターンは併用が禁止されています。違反すると補助金の返還を求められる場合があるため注意してください。

NGパターン理由
同一設備にSII補助金と脱炭素化推進補助金を二重適用同一経費への二重補助の禁止
同一工事費に国と自治体の補助金を二重適用同上
補助対象経費の水増し(実際より高い見積もりで申請)不正申請として補助金返還+ペナルティ
自治体が併用を禁止している場合自治体ごとに独自の併用制限あり

不正受給のペナルティ

二重補助など不正が発覚した場合、補助金の全額返還に加え、加算金(年10.95%)が課されます。さらに不正事業者として公表され、一定期間すべての国の補助金申請が不可になります。

経費区分の分け方【併用申請の実務】

補助金を併用する際の経費区分の分け方を具体例で解説します。

区分方法具体例ポイント
設備別に分ける空調→SII補助金、太陽光→脱炭素化推進補助金最もシンプルで明確
経費種別で分ける設備費→国の補助金、工事費→自治体補助金自治体の制度に要確認
拠点別に分ける本社→SII補助金、工場→自治体補助金拠点が異なれば併用しやすい

いずれの場合も、見積書・申請書で経費の区分を明確に記載し、二重計上がないことを書類上で証明する必要があります。

補助金 + 税制優遇の組み合わせ

補助金に加えて、税制優遇(税額控除・即時償却・固定資産税減免)も活用すると、設備投資の経済効果がさらに高まります。

税制優遇内容補助金との併用
中小企業投資促進税制取得価額の30%特別償却 or 7%税額控除併用可(補助金控除後の取得価額で計算)
中小企業経営強化税制即時償却 or 10%税額控除併用可(経営力向上計画の認定が必要)
省エネ促進税制(東京都等)固定資産税の最大全額免除併用可(自治体の制度を確認)

例えば、SII補助金で設備費の2/3を補助してもらい、残り1/3の自己負担分に対して中小企業経営強化税制の即時償却を適用すれば、実質的な投資負担をさらに軽減できます。

併用時の申請順序と注意点

複数の補助金を併用する場合、申請順序と交付決定のタイミングに注意が必要です。

  1. 国の補助金を先に申請: 補助額が大きい国の補助金を優先的に申請。公募スケジュールを確認して計画的に
  2. 自治体補助金は並行して申請: 自治体によっては国の補助金の交付決定後に申請を求める場合あり
  3. 交付決定前に発注しない: すべての補助金の交付決定を受けてから設備を発注
  4. 経費区分の整合性を確認: 両方の申請書で経費区分に矛盾がないか確認
  5. 実績報告でも整合性が必要: 設備導入後の実績報告でも、併用した補助金間の経費区分の整合性が求められます

併用の相談は専門家に

補助金の併用は経費区分や申請順序が複雑になるため、省エネ補助金の専門家に相談することを強くお勧めします。最適な組み合わせと申請戦略を提案してもらえます。

よくある質問(FAQ)

Aはい。経費項目が重複しなければ併用可能です。SII補助金で省エネ設備を、脱炭素化推進補助金で太陽光・蓄電池を申請するのが最も一般的な併用パターンです。
Aはい。多くの自治体が国の補助金との併用を認めています。ただし自治体ごとに併用ルールが異なるため、事前に各自治体の要項を確認してください。
Aいいえ。同一の経費(同一設備の同一費目)に対する二重補助は禁止されています。設備Aと設備Bをそれぞれ別の補助金で申請する形で経費を分ける必要があります。
Aはい。補助金と税制優遇の併用は可能です。補助金を差し引いた後の自己負担額に対して、中小企業経営強化税制の即時償却や税額控除を適用できます。
Aいいえ。併用自体は正当な制度利用であり、審査上の不利はありません。ただし経費区分を明確にし、二重計上がないことを申請書で正確に示す必要があります。
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