冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ補助金2026【SII指定設備と環境省自然冷媒補助金】
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「冷凍倉庫 補助金」「業務用冷凍庫」で調べている方の多くは、自社の冷凍機・冷凍庫・コンデンシングユニットが補助対象になるか、補助率・上限額はいくらか、どこにどう申請すればよいかを知りたいはずです。本記事は、2026年9月16日時点でSII（一般社団法人環境共創イニシアチブ）と環境省・JRECO（一般財団法人日本冷媒・環
冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ補助金2026：結論と全体像
「冷凍倉庫 補助金」「業務用冷凍庫」で調べている方の多くは、自社の冷凍機・冷凍庫・コンデンシングユニットが補助対象になるか、補助率・上限額はいくらか、どこにどう申請すればよいかを知りたいはずです。本記事は、2026年9月16日時点でSII（一般社団法人環境共創イニシアチブ）と環境省・JRECO（一般財団法人日本冷媒・環境保全機構）の公式サイト・公募要領原文から確認できる情報だけをもとに構成しています。数値には出典URLと確認日を明記し、公式に確認できない費用相場・実質負担額のシミュレーションは掲載していません。
冷凍冷蔵設備はSII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）」の指定設備区分「⑧冷凍冷蔵設備」に該当し、COP（成績係数）などの基準値が種別ごとに公式に定められている。補助率は中小企業者等・大企業とも1/3以内、上限1億円（GX表明メーカー品は3億円）。補助対象は設備費のみで、工事費は対象外。
「トップ性能枠」（補助率1/2）の対象設備一覧（別表2）に冷凍冷蔵設備は含まれておらず、冷凍冷蔵設備でトップ性能枠は使えない。
環境省はJRECOを通じて、自然冷媒（アンモニア・二酸化炭素等）を使う冷凍冷蔵機器に特化した別の補助金「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」を実施しており、上限は1事業者あたり5億円。
申請方式はSII・JRECOともJグランツが基本ではない。SIIは独自の「補助事業ポータル」で書類を作成し郵送、JRECOは郵送またはjGrants（GビズID要）を選べる。
日本の食品流通・物流において冷凍倉庫・業務用冷凍庫は欠かせないインフラですが、老朽化した設備は電力消費量が大きくなりがちです。国は複数の補助制度でこの更新を後押ししていますが、制度ごとに対象設備の定義・補助率・申請方法が異なるため、まず全体像を整理します。
制度 執行機関 対象 補助率 上限額
省エネ・非化石転換補助金（設備単位型） 経産省・SII 指定設備「⑧冷凍冷蔵設備」（フロン冷媒可） 1/3以内（GX表明メーカー品も同率） 1億円（同3億円）/事業全体 省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型） 経産省・SII 冷凍倉庫全体など工場・事業場単位の省エネ改修 1/3〜2/3（枠・企業規模による） 15億円（非化石転換20億円）/事業全体 コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業 環境省・JRECO 自然冷媒（アンモニア・CO2等）機器限定 原則1/3以下（先進的中小企業は1/2以下） 5億円/事業者（コンビニ等は2.5億円）
各制度の補助率・上限額・対象設備・公募スケジュールは公募回・年度ごとに変わります。申請前に必ず各公式サイトの最新の公募要領を確認してください。出典は本記事末尾の「出典・参考情報」にまとめています。
SII指定設備区分「⑧冷凍冷蔵設備」の対象範囲と省エネ基準
SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）」の対象設備は、SIIがあらかじめ定めた指定設備 のみです。指定設備の設備区分は①高効率空調から⑮ダイカストマシンまで15区分あり、冷凍・冷蔵関連は「⑧冷凍冷蔵設備」としてまとめられています（出典：SII公募要領・別表1、103〜128ページ）。
種別 対象範囲
8-1 電気冷蔵庫 冷蔵庫・冷凍冷蔵庫本体 8-2 電気冷凍庫 冷凍庫本体 8-3 冷凍機内蔵形ショーケース ショーケース本体 8-4 コンデンシングユニット コンデンシングユニット本体（圧縮ユニット、リモートコンデンサ含む）、冷凍機別置型ショーケース 8-5 冷凍冷蔵ユニット クーリングユニット本体（庫外ユニット、庫内ユニット、コントローラ含む）
出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）公募要領＜3次公募用＞」別表1「指定設備の設備区分と設備区分毎に定める基準表」114ページ（2026年9月16日確認）。
対象設備の基準値（COP・省エネ基準達成率）
種別ごとの基準値は次のとおりです。基準を満たさない機種は、たとえ省エネ性能をうたう製品でも補助対象にはなりません。
種別 性能区分 基準値
8-1 電気冷蔵庫（冷蔵庫・冷凍冷蔵庫） 縦型・横型共通 2016年省エネ基準（トップランナー制度）達成率100%以上・インバータ搭載 8-2 電気冷凍庫（冷凍庫） 縦型・横型共通 同上100%以上・インバータ搭載 8-3 冷凍機内蔵形ショーケース 箱形・オープンタイプ等 2020年省エネ基準（トップランナー制度「ショーケース」）達成率100%以上
種別 蒸発温度／庫内温度 成績係数（COP）基準
8-4 コンデンシングユニット 蒸発温度 -10℃ 1.33以上 蒸発温度 -40℃ 0.57以上 8-5 冷凍冷蔵ユニット 庫内温度 10℃以上 1.30以上 庫内温度 5℃ 1.23以上 庫内温度 0℃ 1.17以上 庫内温度 -20℃ 0.62以上 庫内温度 -25℃ 0.60以上
冷媒にオゾン層を破壊する物質（CFC・HCFC等）が使用されている設備は、種別を問わず補助対象外です。
8-4・8-5は、JIS B 8623:2019またはJRA 4029:2020の試験方法で規定・測定され、インバーター方式または5段階以上の容量制御が可能な機種に限られます。
8-1・8-2はトップランナー制度の「電気冷蔵庫【業務用冷蔵庫】」「電気冷凍庫【業務用冷凍庫】」の基準に準じます。「業務用冷蔵庫」「業務用冷凍庫」という呼び方は、このトップランナー制度上の区分名に由来します。
出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）公募要領＜3次公募用＞」別表1「指定設備の設備区分と設備区分毎に定める基準表」114〜116ページ（2026年9月16日確認）。実際に導入予定の機種が指定設備リストに登録されているかは、SII「指定設備の補助対象設備一覧」 で型番を検索して確認してください。
SII設備単位型の補助率・上限額と2026年9月時点の公募スケジュール
「⑧冷凍冷蔵設備」を含む指定設備の補助率・上限額は、導入する設備がGX要件（GX表明メーカーの設備）に該当するかどうかで変わります。ここが2026年9月時点で最も誤解されやすい点です。
事業区分 対象 補助率（中小企業者等・大企業とも） 上限額 下限額
（Ⅲ）設備単位型［従来枠］ 指定設備一般 1/3以内 1億円/事業全体 30万円/事業全体 （Ⅲ）GX設備単位型［メーカー強化枠］ GX表明メーカーが製造する指定設備 1/3以内（従来枠と同率） 3億円/事業全体 30万円/事業全体 （Ⅲ）GX設備単位型［トップ性能枠］ 別表2「トップ性能設備」のみ（高効率空調・産業ヒートポンプ・高性能ボイラ・低炭素工業炉・産業用モータの5区分） 1/2以内 3億円/事業全体 30万円/事業全体
公募要領の別表2「トップ性能設備の設備区分と設備区分毎に定める基準表」（131〜134ページ）に掲載されている設備区分は、高効率空調（電気式パッケージエアコン）・産業ヒートポンプ・高性能ボイラ・低炭素工業炉・産業用モータの5区分のみで、冷凍冷蔵設備は含まれていません。冷凍冷蔵設備でGX表明メーカー品を導入した場合は「メーカー強化枠」（補助率1/3・上限3億円）が適用され、補助率が1/2になることはありません。
省エネ効果の要件は、原油換算ベースで次のいずれかを満たす必要があります：（1）計画省エネルギー率10%以上、（2）計画省エネルギー量1kl以上、（3）経費当たりの計画省エネルギー量1kl/千万円以上。省エネルギー量は交付申請時に補助事業ポータルへ導入予定設備の稼働時間等を入力すると自動計算されます（指定計算）。
2026年度（令和7年度補正予算）の公募スケジュール
回次 公募期間 状況 交付決定（予定含む）
1次公募 2026年3月30日〜4月27日17:00必着 終了 2026年6月予定 2次公募 2026年6月1日〜7月9日17:00必着 終了 2026年9月上旬予定 3次公募 2026年8月20日〜9月28日17:00必着 終了 2026年11月下旬予定 4次公募 2026年10月5日〜10月30日17:00必着 受付中（2026年10月22日時点） 2026年12月下旬予定
出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）公募情報（1次・2次・3次公募）」・「同事業トップ」（令和8年8月20日／9月15日更新・2026年9月16日確認）。4次公募の日程はSII「公募情報（4次公募）」（sii.or.jp/setsubi07r/overview4.html、令和8年10月5日更新・2026年10月22日確認）によります。
補助対象になる費用・ならない費用（工事費は対象外）
冷凍倉庫・業務用冷凍庫の更新では設置工事費や配管工事費もかかりますが、SII設備単位型で補助対象になるのは設備費のみ です。工事費は補助対象外と公募要領に明記されており、この点は見落とされがちなので特に注意してください。
費用区分 対象／対象外 内容
設計費 対象外 補助事業の実施に必要な機械装置・システム設計費等 設備費 対象 補助対象設備（指定設備）の機械装置の購入に要する経費。原則3者以上による価格競争等の結果による最低価格が上限 工事費 対象外 補助事業の実施に不可欠な工事に要する経費（設置・据付工事、配線・配管、オプション設備等を含む） 既存設備の撤去・廃棄費用 対象外 公募要領上、明示的に対象経費から除かれる 消費税・地方消費税 対象外 消費税法に定める消費税・地方消費税
また、交付決定が行われる以前に係る経費（事前調査費等）や、契約・発注行為に係る経費もすべて補助対象外です。契約・発注は必ず交付決定日以降に行ってください。交付決定前に発注してしまった場合、その設備は補助対象から外れます。
出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）公募要領＜3次公募用＞」2-2「補助対象経費」（（Ⅲ）設備単位型［従来枠］、2026年9月16日確認）。申請手続き全体の流れは省エネ補助金の申請手続きマニュアルの記事 で解説しています。
大型冷凍倉庫をまるごと更新するなら「工場・事業場型」という選択肢
個別の冷凍機・コンデンシングユニット・ショーケースを更新する場合は設備単位型が対象ですが、冷凍倉庫全体の冷凍システムを丸ごと更新するような大規模案件では、上限額の大きい「省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）」の検討が有効です。
区分 設備単位型 工場・事業場型
対象規模の目安 個別の指定設備の更新（補助金30万円〜1億円、GX表明メーカー品は3億円） 工場・事業場単位の省エネ計画（補助金上限15億円、非化石転換20億円、複数年度事業は事業全体で最大30億円） 補助率（中小企業者等） 1/3以内 一般枠1/2以内（投資回収7年未満は1/3以内）、先進枠2/3以内（うち指定設備は1/2以内）（出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）公募要領＜3次公募用＞」1-14「補助率及び補助金限度額」29ページ・中小企業者等区分、公募要領PDF 、2026年9月22日確認） 省エネ計画の要件 機器単体の性能証明・省エネ効果計算（指定計算） 工場・事業場全体の省エネ計画の提出が必要 適した事業者 個別の冷凍機・ショーケース・コンデンシングユニットを更新する事業者 大型冷凍倉庫を丸ごと更新する物流・食品会社・冷凍倉庫専業者
工場・事業場型も設備単位型と同じく令和7年度補正予算で実施されており、2026年10月22日時点で4次公募が受付中です（公募期間は設備単位型と同じ2026年10月5日〜10月30日17:00必着）。どちらの区分で申請すべきか迷う場合は、SIIの事業区分別問い合わせ窓口（本記事末尾の相談窓口を参照）に確認することをおすすめします。
出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）事業トップ」（令和8年9月15日更新）・「公募要領＜3次公募用＞」1-14「補助率及び補助金限度額」28ページ（2026年9月16日確認）。
環境省「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」（自然冷媒機器）
冷凍冷蔵設備には、SIIの制度とは別に、環境省が実施する自然冷媒機器専用の補助金があります。執行団体は一般財団法人日本冷媒・環境保全機構（JRECO）で、正式名称は「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」です（環境省「二酸化炭素排出抑制対策事業費等補助金等に係る補助事業者（執行団体）について」で公表されている執行団体の一つ）。
フロン類（CFC・HCFC・HFC）ではなく、アンモニア・二酸化炭素・空気・水等の自然界に存在する物質を冷媒として使用し、同等の冷凍・冷蔵能力を持つフロン冷媒機器と比較してエネルギー起源二酸化炭素の排出が少ない冷凍・冷蔵機器を指します。対象施設は（1）冷凍冷蔵倉庫、（2）食品製造工場、（3）食品小売店舗のショーケース等（プレハブ式冷凍・冷蔵保管庫を含む）の3類型です。
項目 内容
執行団体 一般財団法人日本冷媒・環境保全機構（JRECO） 補助率 原則1/3以下。「先進的な中小企業」に該当し、採択審査の得点順で最大上位20%以内の事業者は1/2以下 補助金の上限額 1事業者あたり5億円（フランチャイズ形態のコンビニエンスストアは2億5,000万円） 補助対象事業者 中小企業者等・大企業等（申請書に中小企業に該当するか否かを明示） 対象経費の性質 脱炭素型自然冷媒機器を導入する場合に必要な経費
2026年度（令和8年度）の公募スケジュール
公募 受付期間 対象 状況（2026年9月16日時点）
春公募 2026年4月24日〜5月25日17:00必着 単年度事業・複数年度事業 終了・交付先決定済み（冷凍冷蔵倉庫47事業者49事業所、食品製造工場14事業者15事業所、食品小売店舗ショーケース等21事業者231事業所ほか。複数年度事業は別枠で交付決定） 秋公募 2026年9月14日〜10月13日17:00必着 複数年度事業（国庫債務負担行為の事業）のみ 受付中
フランチャイズ形態のコンビニエンスストアにおけるショーケース等の場合は、事業所単位ではなく複数事業所の補助申請を一括して行うことができます。また、新たに設置する自然冷媒機器の導入に伴い既存のフロン冷媒機器を撤去する場合は、フロン類の使用の合理化及び管理の適正化に関する法律に基づき、都道府県知事の登録を受けた第一種フロン類充塡回収業者への引き渡しが必要です。
出典：JRECO「政府補助金事業（環境省）」（2026年9月16日確認）、JRECO「令和8年度公募要領」（秋公募用、2026年9月16日確認）、環境省「2025年度（令和7年度）二酸化炭素排出抑制対策事業費等補助金等に係る補助事業者（執行団体）について」（2026年9月16日確認）。
SIIと環境省、2制度の比較と併用の注意点
「冷凍冷蔵設備」を対象とする補助金には、フロン冷媒の機器でも申請できるSIIの制度と、自然冷媒機器に限定される環境省・JRECOの制度があります。導入予定の機器の冷媒次第で、使える制度が変わります。
比較項目 SII 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型） 環境省 コールドチェーン脱フロン・脱炭素化推進事業（JRECO）
対象となる冷媒 フロン冷媒・自然冷媒とも対象（指定設備の基準を満たせばよい） 自然冷媒（アンモニア・二酸化炭素・空気・水等）機器のみ 補助率 1/3以内（GX表明メーカー品も1/3以内、トップ性能枠は対象外） 原則1/3以下（先進的な中小企業の上位20%以内は1/2以下） 上限額 1億円（GX表明メーカー品は3億円）/事業全体 5億円/事業者（コンビニ等は2.5億円） 申請方法 SII独自の「補助事業ポータル」で作成し郵送提出（持参不可） 郵送、またはjGrants（電子申請）を選択可 GビズIDの要否 公募要領・アカウント登録ページに記載なし（不要と考えられる） jGrantsを使う場合のみGビズIDプライム／メンバーアカウントが必要
JRECOの公募要領は、対象事業の要件として「対象装置の導入に対し、他の法令及び予算に基づく補助金等の交付を受けていないこと」を明記しています。同一の設備・同一の経費でSIIと環境省の両方から補助を受けることはできません。冷凍倉庫内で設備を複数導入する場合は、設備ごとにどちらの制度で申請するかを事前に整理してください。
出典：SII・JRECO各公募要領（2026年9月16日確認）。申請方法の詳細な違いは申請手続きマニュアルの記事 、個別の業務用冷蔵庫・冷凍庫（店舗の1台単位など）については業務用冷蔵庫・冷凍庫の省エネ補助金の記事 もあわせて参照してください。
申請の流れ｜補助事業ポータルでの作成と郵送提出（Jグランツではない）
SII設備単位型は、電子申請システム「Jグランツ」を使いません。SII独自の「補助事業ポータル」で申請書類を作成・出力し、書類一式を郵送する方式です。
STEP やること
1. 指定設備の確認 導入予定の冷凍機・コンデンシングユニット等がSII「指定設備の補助対象設備一覧」に型番登録されている機種であることを確認する 2. アカウント登録 SIIホームページの専用フォームでアカウント登録する（1次・2次公募で取得したアカウントは3次公募でも使用可） 3. 補助事業ポータルにログイン 登録から数日以内に届くメールでユーザ名等を受け取り、通知されたURLからログインする 4. 省エネ効果の計算 導入予定設備の稼働時間等をポータルに入力し、省エネルギー量を算出する（指定計算） 5. 申請書類の出力・郵送 ポータルで入力を完了し、出力した申請書類一式を配送状況が確認できる手段（簡易書留等）でSIIへ郵送する（直接持参は不可） 6. 交付決定後に発注 SIIから交付決定通知を受け取ってから、設備の契約・発注・工事を開始する
JRECO（環境省・自然冷媒機器の事業）は、従来の郵送提出に加えて、政府の補助金申請システムjGrantsによる電子申請も選べます。jGrantsを利用する場合は、事前にGビズIDプライムまたはメンバーアカウントの取得が必要です（GビズIDプライムの取得はデジタル庁への郵送申請で2〜3週間程度かかる場合があります）。
出典：SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）公募要領＜3次公募用＞」・「同事業トップ」アカウント登録案内、JRECO「令和8年度公募要領」秋公募用（2026年9月16日確認）。より詳しい申請手続きの解説は申請手続きマニュアルの記事 を参照してください。
申請前チェックリスト【冷凍倉庫・業務用冷凍庫向け】
SII設備単位型・環境省JRECOいずれも、事前準備の不足が不採択や交付の遅延につながります。申請前に以下を確認してください。
確認項目 内容
指定設備リストの確認（SII） 導入予定の冷凍機・コンデンシングユニット・ショーケースがSII「指定設備の補助対象設備一覧」に型番登録されている機種であること 自然冷媒機器の該当確認（JRECO） 導入予定機器がアンモニア・二酸化炭素・空気・水等の自然冷媒を使用し、フロン冷媒機器より二酸化炭素排出が少ないと説明できること 省エネ効果の試算 既設設備の消費電力データ・型番と、新設設備のCOP・消費電力カタログ値を用意できること 交付決定前に発注しない SII・JRECOとも交付決定通知を受け取る前の契約・発注は補助対象外になる。社内で発注禁止のルールを徹底する 工事費は自己負担である前提で資金計画を立てる（SII） SII設備単位型は設備費のみが補助対象。設置工事費・配管工事費・撤去費は全額自己負担になる 重複申請の整理 同一設備・同一経費でSIIと環境省JRECOの両方に申請しない。設備ごとにどちらの制度で申請するか事前に決めておく 提出方法の確認 SIIは郵送のみ（持参不可）。JRECOは郵送またはjGrants。jGrants利用時はGビズIDの取得スケジュールを確保する 締切の確認 SII設備単位型4次公募は2026年10月30日17:00必着（3次公募は9月28日で終了）。JRECO秋公募は2026年10月13日17:00必着で締切日を過ぎている。必着であり消印有効ではない
出典：SII・JRECO各公募要領（2026年9月16日確認）。申請代行を使う場合の費用感は申請代行の費用相場の記事 で解説しています。
冷凍設備の補助金に関する相談窓口
制度に関する一次的な問い合わせ先はSII・JRECOです。あわせて、当サイトの相談窓口・専門家紹介も利用できます。
窓口 連絡先・内容
SII 設備単位型・GX設備単位型 ナビダイヤル 0570-01-5116／IP電話 042-303-0855（受付時間：平日10:00〜12:00、13:00〜17:00） SII 工場・事業場型（先進枠） 03-5565-3840 SII 工場・事業場型（一般枠／中小企業投資促進枠／サプライチェーン連携枠） 03-5565-4463 JRECO 事業支援センター（環境省コールドチェーン事業） TEL 03-5733-4964／FAX 03-5733-4965／E-mail kankyo-hojokin@jreco.or.jp（受付時間：平日9:00〜12:00、13:00〜17:00） 公募スケジュール全体の確認 省エネ補助金の公募スケジュール一覧 制度選びの相談 無料相談窓口 申請サポートの専門家を探す 専門家一覧
出典：SII「設備単位型」「工場・事業場型」各事業トップ、JRECO「政府補助金事業（環境省）」（いずれも2026年9月16日確認）。お電話には通話料がかかる場合があります。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月16日。補助金の制度・補助率・上限額・公募スケジュールは公募回・年度ごとに変更される場合があります。必ず各公式サイトで最新情報を確認してください。本記事は制度の一般的な内容を解説するものであり、採択や補助額を保証するものではありません。
補助金の申請・手続きを専門家に任せる
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