冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ補助金【SII補助金の申請要件と補助額】2026年版

冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ補助金2026：結論と全体像

日本の食品流通・物流において冷凍倉庫・業務用冷凍庫は欠かせないインフラです。しかし冷凍設備は電力消費量が極めて大きく、施設の電気代の30〜60%を冷凍機システムが占めるケースも珍しくありません。電力単価の上昇が続く中、省エネ型への更新は喫緊の経営課題です。

2026年度は経済産業省が推進するSII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）」が令和7年度補正予算で継続・拡充されており、冷凍冷蔵設備の省エネ更新に最大で補助率1/2（トップ性能枠）・上限1億円の補助を受けられる可能性があります。

【主力補助金】SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）」2026年版の詳細

冷凍倉庫・業務用冷凍庫への省エネ補助金で2026年現在最も活用しやすい制度が、SII（一般社団法人環境共創イニシアチブ）が執行する「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）」です。冷凍冷蔵設備はSIIの指定設備区分に含まれており、既設の旧型冷凍機を高効率型に更新する場合に補助を受けられます。

項目	内容
正式名称	令和7年度補正予算 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）
執行機関	一般社団法人環境共創イニシアチブ（SII）
補助率（中小企業）	1/3（トップ性能枠は1/2）
補助率（大企業・中堅）	1/3（上限あり）
補助上限	1億円/事業（設備種別により異なる）
補助下限	30万円
1次公募	2026年3月30日〜4月27日（終了）
2次公募	2026年6月1日〜7月9日（受付中）
3次公募以降	SII公式サイトで随時公表（予算残高次第）
申請方式	電子申請（Jグランツ・GビズIDプライム必須）
公式サイト	省エネ・非化石転換補助金2026年版特設サイト（SII）

冷凍冷蔵設備のSII指定設備区分と申請要件

SII設備単位型では、「指定設備リスト」に登録された設備への更新・新設のみが補助対象となります。冷凍倉庫・業務用冷凍庫で対象となり得る設備区分は以下の通りです。

設備区分	対象設備の例	省エネ性能の要件目安	補助率
高効率冷凍冷蔵設備（冷凍機）	スクリュー冷凍機・往復動冷凍機・遠心冷凍機（ターボ冷凍機）の高効率機種	SII指定設備リスト掲載機種・COP（成績係数）が基準値以上	中小企業1/3〜1/2
業務用冷蔵・冷凍ショーケース	スーパー・コンビニ等向け高効率冷蔵・冷凍ショーケース	SII指定設備リスト掲載機種・省エネ法トップランナー基準超え	中小企業1/3〜1/2
コンデンシングユニット	業務用コンデンシングユニット（冷凍倉庫・食品加工場の冷却用）	SII指定設備リスト掲載機種・指定性能値以上	中小企業1/3〜1/2
冷凍空調設備一体型（大型）	大型冷凍倉庫の冷凍空調システム更新（設備単位型の上限を超える場合は工場事業場型）	省エネ診断受診・省エネ率10%以上の削減計画	中小企業1/3〜1/2

※対象設備は毎公募回でSII指定設備リストが更新されます。申請前に必ず最新の指定設備リスト（SII公式サイトからダウンロード）でご確認ください。リスト未掲載の機種は補助対象外です。

冷凍倉庫・業務用冷凍庫の補助対象設備と費用内訳

冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ更新では、機器本体費のほか、設置工事費・配管工事費・電気工事費も補助対象となる場合があります（公募要領で確認が必要）。以下に主要設備の費用相場と補助額の目安を示します。

設備別 費用相場と補助後実質負担の目安

設備種別	設備本体費（目安）	工事費目安	合計目安	SII補助後（1/3）	トップ性能枠（1/2）
業務用コンデンシングユニット（1台・小型）	50〜150万円	30〜80万円	80〜230万円	53〜153万円	40〜115万円
スクリュー冷凍機（中型・冷凍倉庫向け）	500〜2,000万円	100〜500万円	600〜2,500万円	400〜1,667万円	300〜1,250万円
業務用冷凍ショーケース（10台・食品スーパー）	200〜500万円	50〜150万円	250〜650万円	167〜433万円	125〜325万円
ターボ冷凍機（大型・大規模冷凍倉庫）	2,000〜8,000万円	500〜1,500万円	2,500〜9,500万円	1,667〜6,333万円（上限1億円）	1,250〜4,750万円（上限1億円）
冷凍空調システム一式（食品工場・物流センター）	1,000〜5,000万円	300〜1,500万円	1,300〜6,500万円	867〜4,333万円（上限1億円）	650〜3,250万円（上限1億円）

※費用相場は2026年6月時点の一般的な参考値です。実際の費用はメーカー・施工業者・設置環境・設備仕様により大きく異なります。補助金の交付額は審査結果・公募要領の要件によります。必ず複数社から見積を取得し、SII公式の公募要領でご確認ください。出典：SII設備単位型公募情報

補助対象経費と対象外経費の区分

SII設備単位型では、補助対象となる経費と対象外となる経費が公募要領で定められています。申請前に必ず確認が必要です。

費用項目	補助対象	備考
冷凍機・コンデンシングユニット本体費	対象	SII指定設備リスト掲載機種に限る
設置・据付工事費	対象（要確認）	設備の設置に直接必要な工事費。公募要領で確認
電気工事費・配線工事費	対象（要確認）	対象設備の電源接続工事。過剰設備分は対象外
冷媒配管工事費	対象（要確認）	対象設備の接続に必要な配管工事
既設設備の撤去・廃棄費用	対象外	原則として補助対象外
フロン回収費用	対象外	原則として補助対象外
消耗品費・維持管理費	対象外	補助対象外
設備保険・金利・諸税	対象外	補助対象外

※対象経費の詳細は公募回ごとに変わる可能性があります。申請前に必ず最新の公募要領（SII公式サイト）を確認してください。

冷凍倉庫・業務用冷凍庫 省エネ補助金 費用シミュレーション【業種別3ケース】

以下は冷凍倉庫・業務用冷凍庫を持つ中小企業が省エネ設備に更新する場合の費用シミュレーションです。補助金額・工事費は見積・申請内容により異なります。概算の参考値としてご確認ください。

ケース①：物流冷凍倉庫（中型）の冷凍機更新

延床面積約2,000m2の物流冷凍倉庫（-25℃保管）で、築20年の往復動冷凍機（旧型）をスクリュー冷凍機（SII指定設備）2台に更新するケース。電力消費量は大幅に削減が見込まれます。

費用項目	金額（税抜・概算）
高効率スクリュー冷凍機（SII指定設備）×2台	2,000万円
設置・据付工事費	300万円
電気工事費・冷媒配管工事費	200万円
既設機撤去費（補助対象外）	100万円
フロン回収費用（補助対象外）	50万円
補助対象経費計（本体＋据付・電気・配管工事）	2,500万円
SII補助金（中小企業1/3）	▲833万円（概算）
実質負担額（補助対象経費分・概算）	1,667万円
別途負担（撤去・フロン回収）	150万円
総実質負担額（概算）	1,817万円
年間電気代削減効果（冷凍電力30%削減・年間1,200万円が840万円へ）	▲360万円/年
投資回収期間目安	約5年

※SII補助金は事業完了後の後払いです。導入費を一時立替する資金計画が必要です。補助金額は審査結果によります。出典：SII公式公募要領

ケース②：食品加工工場の冷凍設備一式更新（トップ性能枠）

水産加工工場で、急速冷凍機1台＋コンデンシングユニット3台をSIIトップ性能枠の高効率機種に更新するケース。補助率1/2が適用されれば補助額がさらに大きくなります。

費用項目	金額（税抜・概算）
高効率急速冷凍機（SIIトップ性能枠指定設備）×1台	800万円
高効率コンデンシングユニット（SII指定設備）×3台	600万円
設置・電気・配管工事費	200万円
既設機撤去費・フロン回収（補助対象外）	80万円
補助対象経費計	1,600万円
SII補助金（トップ性能枠・中小企業1/2）	▲800万円（概算）
実質負担額（概算）	800万円
別途負担（撤去・フロン回収）	80万円
総実質負担額（概算）	880万円
年間電気代削減効果（冷凍電力40%削減・年間480万円が288万円へ）	▲192万円/年
投資回収期間目安	約4.5年

※トップ性能枠の補助率1/2はSII指定設備リストの「トップ性能機種」に該当する場合のみ適用されます。公募要領で要件を確認してください。

ケース③：食品スーパーの業務用冷凍ショーケース更新

店舗面積約600m2の食品スーパーで、旧型冷凍ショーケース（オープンタイプ）を省エネ型（SII指定設備・高効率断熱ガラス扉付き）に更新するケース。

費用項目	金額（税抜・概算）
高効率業務用冷凍ショーケース（SII指定設備）×8台	480万円
冷媒配管工事・電気工事	80万円
既設ショーケース撤去費（補助対象外）	40万円
補助対象経費計	560万円
SII補助金（中小企業1/3）	▲186万円（概算）
実質負担額（概算）	374万円
別途負担（撤去費）	40万円
総実質負担額（概算）	414万円
年間電気代削減効果（冷凍ショーケース電力35%削減・年間200万円が130万円へ）	▲70万円/年
投資回収期間目安	約6年

※上記シミュレーションはモデルケースの概算です。省エネ削減率・電気代の削減額は設備の使用条件・稼働時間・電力単価により大きく異なります。投資回収期間の計算は参考値です。

冷凍倉庫・業務用冷凍庫 省エネ補助金 申請チェックリスト【中小企業向け】

SII「省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）」への申請を検討している冷凍倉庫・食品工場・スーパー等の中小企業向けに、申請前チェックリストをまとめました。

申請に必要な主な書類一覧（冷凍設備向け）

書類名	内容・用途	準備のタイミング
申請書（Jグランツ・電子申請）	事業者情報・設備情報・省エネ計算・設置場所等を入力	公募開始後〜締切2週間前
SII指定設備の型番確認書・仕様書	指定設備リストとの照合。メーカーカタログ・型番資料	機器選定時（公募前から）
省エネ効果計算書	既設設備のCOP・消費電力と新設設備のCOPを比較した削減効果の計算（SII様式またはメーカー提供計算書）	見積取得後〜申請前
見積書（2社以上・項目別）	冷凍機本体費・据付工事費・電気工事費・配管工事費が項目ごとに記載	公募開始後2週間以内
既設設備の消費電力データ	電力量計の計測記録・電気料金明細・既設設備の仕様書（製造年・型番・定格消費電力）	申請前までに準備
設置場所確認書類	冷凍倉庫・食品工場の図面・配置図・現状の冷凍設備を含む写真	事前に撮影・準備
法人登記簿謄本（登記事項証明書）	申請主体の確認（発行から3ヶ月以内）	法務局またはオンライン申請
決算書（直近2期分）	財務状況の確認	税理士から事前入手
GビズIDプライム（アカウント）	Jグランツ電子申請に必須。取得に2〜3週間必要	公募開始1ヶ月前までに取得

SII省エネ補助金の申請フロー【冷凍倉庫・業務用冷凍庫 導入の全工程】

冷凍倉庫・業務用冷凍庫でSII補助金を活用する場合の申請から補助金受取までの全工程を解説します。工程全体で6ヶ月〜1年以上かかるため、設備更新を計画している場合は早めに準備を開始してください。

ステップ	所要期間目安	実施内容	注意点
①事前準備	公募開始前1〜2ヶ月	GビズID取得・SII指定設備リスト確認・冷凍機メーカーに見積依頼・既設設備データ収集・省エネ効果計算書の骨格作成	GビズIDは2〜3週間必要。早めに取得開始
②電子申請	公募開始〜締切（4〜6週間）	Jグランツに申請書類を入力・添付・電子申請の完了	締切直前は申請が集中しシステムが混雑する場合がある。余裕を持って申請
③審査・採択	申請後1〜2ヶ月	SIIによる書類審査。追加書類提出を求められる場合がある	省エネ計算書の不備は採択に影響。専門家に事前確認を推奨
④交付決定	採択後2〜4週間	SIIから交付決定通知書が送付される	この通知を受け取るまで機器の発注・工事を絶対に開始しない
⑤機器発注・設置工事	交付決定後1〜4ヶ月	冷凍機等を発注・設置工事実施・試運転確認・省エネ効果の実測（電力量計等）	工事中の写真撮影・記録を徹底する（実績報告で必要）
⑥実績報告	工事完了後2〜4週間	設置完了の写真・電気工事完了証明書・省エネ効果実測データ等をSIIへ提出	書類不備は補助金交付の遅延につながる。事前にチェックリストで確認
⑦補助金交付	実績報告審査後1〜2ヶ月	SIIの審査完了後に補助金が指定口座に振込	補助金受取まで全額を立替。資金計画を事前に確認
全体期間目安	申請〜受取：6ヶ月〜1年	—	計画的なスケジュール管理が採択・補助金受取の鍵

冷凍設備更新で活用できる関連補助金・組み合わせ活用

冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ更新では、SII補助金以外の制度との組み合わせや、地域の自治体独自補助金の活用も検討価値があります。ただし同一設備・同一経費への重複申請は禁止されているため、経費を設備ごとに区分することが原則です。

制度名	内容	冷凍設備との親和性	情報源
SII省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）	高効率冷凍設備更新の主力補助金。中小企業補助率1/3〜1/2	最優先	SII公式
SII省エネ・非化石転換補助金（工場事業場型）	大規模冷凍倉庫全体の省エネ改修。上限15億円・省エネ診断が要件	大規模案件向け	SII公式
ものづくり補助金（省力化・デジタル枠）	IoT温度管理・自動制御と組み合わせた冷凍設備更新。上限は枠による	中（省力化・DXが主目的の場合）	ものづくり補助金公式
農林水産省 食品産業省エネ支援	食品製造・加工事業者向けの省エネ支援（年度・予算による）	中（食品工場・水産加工の冷凍設備）	農林水産省公式
都道府県・市区町村の省エネ補助金	各自治体独自の省エネ設備補助（SIIと経費区分することで併用できる場合も）	中（自治体・年度ごとに対象設備が異なる）	各都道府県・市区町村の公式サイト
省エネルギー投資促進支援事業費補助金（エネ合）	エネルギー使用量の多い事業者向けの省エネ計画策定・設備投資支援	中（大規模冷凍倉庫・物流センターで省エネ計画が確立している場合）	経済産業省公式

冷凍設備 省エネ補助金の相談窓口と申請サポート

冷凍倉庫・業務用冷凍庫の省エネ補助金申請は、設備種別・省エネ計算・指定設備リスト照合など専門的な知識が必要です。補助金申請に不安がある場合は、以下の窓口で事前相談が可能です。

窓口	支援内容	費用	連絡先
SII（環境共創イニシアチブ）事務局	補助金制度の公式説明・申請方法・指定設備リストの確認・公募要領の解釈	無料	SII省エネ補助金特設サイト
省エネルギーセンター（ECCJ）	省エネ診断・無料エネルギー相談・省エネ計算書作成のアドバイス（工場事業場型の要件にも）	無料〜低廉	一般財団法人省エネルギーセンター
中小企業・小規模事業者 よろず支援拠点	補助金の概要説明・活用判断のアドバイス・専門家紹介（全国47都道府県に設置）	無料	中小企業庁ホームページで最寄り拠点を検索
認定経営革新等支援機関（税理士・中小企業診断士）	事業計画書・省エネ効果計算書の作成支援・申請書類のチェック	相談のみ無料〜有料	中小企業庁「認定支援機関」検索システムで地域・業種別に検索
冷凍機メーカー・専門商社	指定設備リスト掲載機種の確認・省エネ計算書の作成支援・補助金申請の実績情報提供	無料（設備購入が前提）	三菱電機・ダイキン・日立ジョンソンコントロールズ空調・荏原冷熱システム等
省エネ補助金申請代行・コンサル会社	SII申請書類一式・省エネ計算書・実績報告まで一括サポート	成功報酬型（補助金額の10〜15%程度）	全国に複数社あり（過去の冷凍設備での採択実績を確認のうえ依頼）